Le Chéran prend sa source vers 1750 m, sur la face Sud de la Pointe de Chaurionde, au cœur du Massif alpin des Bauges (commune de Verrens-Arvey, Savoie). Il collecte de nombreux ruisseaux d'altitude et dévale rapidement la pente, souvent sous le nom de Nant Fourchu, pour rejoindre la vallée vers le petit bourg d' École (altitude 710 m). Puis ce torrent savoyard s'oriente vers le Nord-Ouest, pénètre en Haute-Savoie, avec de longs passages dans des vallées plus ou moins encaissées, notamment entre Allèves et Alby-sur-Chéran, avant de rejoindre le Fier, à l'aval immédiat de Rumilly (altitude 315 m).

Le Chéran reçoit de très nombreux affluents, constitués des ruisseaux qui drainent les pentes entre lesquelles il façonne son lit.  Les principaux sont: le Nant d'Orgeval (altitude 1040 m), le Grand Nant (altitude 670 m), le Ruisseau d'Aillon (altitude 620 m), le Ruisseau de Bellecombe et le Ruisseau de Saint-François (altitude 580 m), le Ruisseau des Eparis (altitude 380 m), le Nant de l'Eau Salée (altitude 362 m) et le Nant de Bornières (altitude 335 m).

Le Chéran a fait l'objet pendant 10 ans d'un contrat de rivière achevé en 2008, contrat qui avait été l'un des premiers à engager un diagnostic et des actions à l'échelle d'un bassin versant. À l'image de nombreux grands torrents alpins, le Chéran subit les activités humaines qui s'implantent en priorité dans les vallées, ce qui justifie la mise en œuvre d'un nouveau contrat pour regagner la qualité biologique des eaux de cette belle rivière.

La totalité de ce cours d'eau est retenue pour appliquer ce programme Rivières sauvages.

 Les sites prospectés par les participants à cet inventaire particulier "Rivières sauvages" comme aux inventaires nationaux (source Opie-benthos), sont présentés de l'amont vers l'aval. Deux sites très rapprochés peuvent être regroupés en une seule station s'il n'y a pas de discontinuité écologique (affluent, barrage, aménagement induisant une nuisance,...). Les collectes conduisent à l'élaboration de listes d'espèces, selon les ordres auxquelles elles appartiennent.

1. Commune d'École (73106) au lieudit Les Jarses (altitude 800 m).

• Éphémères: Habroleptoides auberti, H. confusa, Alainites muticus, Baetis alpinus, B. rhodani, Rhithrogena gratianopolitana.

2. Commune de La Compôte (73090), en aval de la confluence avec le Nant de Chérel (altitude 700 m). 

• Éphémères: Habroleptoides auberti, H. confusa, Ephemera danica, Baetis alpinus, B. rhodani, Rhithrogena gratianopolitana.

3. Commune du Châtelard (73081) au Pont d'Escorchevel (altitude 665 m).

• Éphémère: Serratella ignita.
• Plécoptères: Perla marginata, Brachyptera risi.

4. Commune du Châtelard (73081) au niveau du Pont Picot (altitude 624 m).

• Éphémères: Habrophlebia lauta, Caenis beskidensis, Ecdyonurus helveticus, E. venosus.

5. Commune de Leschereines (73146) au niveau des Îles du Chéran (altitude 610 m).

• Éphémères: Baetis alpinus, B. rhodani, Ecdyonurus helveticus.

6. Commune d'Allèves (74004), en amont du pont de Banges (altitude 550 m).

• Plécoptère: Perla marginata.

7. Commune de Cusy (74097) au niveau de la passerelle en aval du Moulin (altitude 425 m). 

• Éphémères: Habroleptoides confusa, Ephemera danica, Serratella ignita, Caenis rivulorum, Alainites muticus, Baetis alpinus, B. rhodani, B. scambus, Siphlonurus lacustris, Ecdyonurus venosus, Electrogena lateralis, Rhithrogena savoiensis, R. semicolorata.