La Valserine est un pur cours d'eau du Jura, prenant sa source au fond d'une combe (reculée) à 1162 m d'altitude, sur la commune de Mijoux (Ain). Après un  parcours ouvert le long de la Combe de Mijoux, elle s'engage, à partir de l'aval de Lelex, dans une série de gorges plus ou moins encaissées, souvent dans des milieux forestiers plutôt fermés, comme le suggèrent les noms locaux (Pont du Diable, Pont du Dragon,...). Elle y forme des successions de cascades et de marmites. Ce type d'écoulement permet une régénération de ses eaux qui subissent tout de même des agressions des activités humaines implantées le long de la combe amont, et des barrages. Le potentiel naturel de cette belle rivière reste cependant fort, de par ce long parcours en vallée encaissée. Elle rejoint le Rhône à Bellegarde-sur-Valserine (340 m), toujours dans le département de l'Ain.

Ses affluents sont du même type jurassien, généralement des ruisseaux issus de sources au fond des reculées, les principaux étant le Ruisseau du Creux des Franges (980 m), le Ruisseau de Forens (555 m), la Volférine (485 m) et surtout la Semine (368 m).

Le linéaire retenu pour ce projet Rivières Sauvages, s'étend de la source jusqu'aux pertes de la Valserine, au niveau des gorges de Bellegarde-sur-Valserine (département de l'Ain).

 Les sites prospectés par les participants à cet inventaire particulier "Rivières sauvages" comme aux inventaires nationaux (source Opie-benthos), sont présentés de l'amont vers l'aval. Deux sites très rapprochés peuvent être regroupés en une seule station s'il n'y a pas de discontinuité écologique (affluent, barrage, aménagement induisant une nuisance,...). Les collectes conduisent à l'élaboration de listes d'espèces, selon les ordres auxquelles elles appartiennent.

1. Commune de Mijoux (01247), au Creux des Franges (altitude 1060 m):

• Plécoptère: Leuctra cingulata.

2. Commune de Mijoux (01247), au pont de la Villette (altitude 1045 m).

• Plécoptères: Perlodes jurassica, Nemoura marginata, Leuctra inermis, L. hippopus.

3. Commune de Mijoux (01247), au niveau du pont de la route CD50a, près du Golf de la Valserine (altitude 992 m).

• Plécoptères: Protonemura nitida, Leuctra albida.
• Trichoptères: Plectrocnemia brevis, Rhyacophila tristis, R. praemorsa, Crunoecia irrorata.

4. Commune de Mijoux (01247) au niveau du Pont Charlemagne (altitude 980 m).

• Éphémères: Serratella ignita, Alainites muticus, Baetis alpinus, B. rhodani, Centroptilum luteolum, Ecdyonurus venosus.
• Plécoptères: Perlodes jurassicus

5. Commune de Mijoux (01247), au pont du lieudit Le Crozat (altitude 935 m).

• Plécoptères: Amphinemura triangularis, Protonemura nitida;, Nemoura marginata, Leuctra albida, L. aurita, L. hippopus, L. inermis, L. nigra, L. subalpina.

6. Commune de Lelex (01210), en aval immédiat des Loges (altitude 857 m):

• Plécoptères: Perlodes jurassicus, Protonemura nitida.

7. Commune de Lelex (01210) au pont du lieudit Le Niaizet (altitude 845 m).

• Plécoptères: Brachyptera risi, Amphinemura triangularis, Protonemura intricata, Leuctra hippopus, L. inermis.
• Trichoptère: Potamophylax cingulatus cingulatus.

9. Commune de Chézery-Forens (01104), au Pont du Diable (altitude 680 m):

• Plécoptères: Amphinemura triangularis.

8. Commune de Chézery-Forens (01104), dans la traversée du bourg (altitude 590 m):

• Plécoptères: Perla grandis, Rhabdiopteryx neglecta, Protonemura nitida, Leuctra albida, L. hexacantha, L. moselyi.