Nos collectes montrent une colonisation de deux milieux semblant différents, d’une part de petits ruisseaux, et d’autre part les zones lentiques de la partie amont de la rivière « le Doubs », présentant un débit déjà conséquent. Cela confirme les observations effectuées en Suisse (Sartori & Landolt 1999). Les populations sont généralement en assez faible effectif, sur des micro-milieux d’aires réduites. Ces conditions font sans doute sous-évaluer nos connaissances de la répartition de l’espèce. Cependant, de récentes recherches initiées par notre programme, ont permis de mettre à jour quelques populations sur des secteurs proches des stations découvertes. Nos captures sont conformes aux constatations d’un cycle vital univoltin, avec des émergences de tout début d’été et une croissance très lente des larves pendant la période automnale et hivernale. Avec neuf stations connues à ce jour pour invfmr, et quatre autres citées de la littérature (Jacquemin & Coppa 1996), et liée à des milieux fragiles (sources forestières froides) l’espèce est considérée menacée (catégorie EN) dans la liste rouge des éphémères de France métropolitaine 2018.

M. balcanicus colonise pratiquement uniquement les ruisseaux à régime temporaire, principalement forestiers, faiblement minéralisés, pouvant subir des assecs estivaux prolongés. Les larves se tiennent plutôt sur des fonds limoneux argileux, dans les petits courants accélérés par quelques cailloux, une branche, ou les lits de feuilles en décomposition. L’espèce est absente des zones aval à débit permanent des cours d’eau dont le lit supérieur est temporaire (Brulin & Pochet 2005). Cela induit une adaptation des œufs à supporter une sécheresse parfois prolongée (juin à septembre). M. balcanicus est univoltine printanière, avec diapause embryonnaire estivale, et une croissance larvaire lente en automne - hiver, rapide en tout début de printemps. La fragilité des milieux (chevelu des têtes de bassin), le morcellement de l’aire d’occupation et la recolonisation précaire, placent cette espèce en quasi menacée (NT) dans la liste rouge des éphémères de France métropolitaine 2018.

Imago femelle de Metreletus balcanicus. Chez cette espèce, il n'est pas rare d'observer des individus femelles possédant curieusement des ébauches de gonopodes mâles.